Perpustakaan Universitas Cenderawasih didirikan bersamaan dengan berdirinya Universitas Cenderawasih,  pada tanggal 10 November 1962 bertepatan dengan Hari Pahlawan yang ke-17. Pada waktu itu Uiversitas Cenderawasih merupakan satu-satunya lembaga milik Pemerintah Republik Indonesia yang berada di Irian Jaya (Papua) setelah daerah ini kembali ke pangkuan Negara Kesatuan Republik Indonesia. Universitas Cenderawasih termasuk perpustakaannya, kemudian mendapat julukan sebagai Universitas Perjuangan dengan misi utama mengentaskan masyarakat Irian Jaya dari belenggu kebodohan, keterbelakangan, dan keterisolasian. Untuk maksud tersebut, Perpustakaan Universitas Cenderawasih menerima bantuan buku-buku pembelajaran dan pengetahuan sebagai koleksi awal dari berbagai lembaga internasional, seperti Ford Poundation, Asia Foundation, dan sebagainya.

            Pada awalnya perpustakaan menempati satu ruangan kecil dengan kapasitas untuk melayani 95 orang mahasiswa, 16 orang tenaga pengajar (dosen) dan 7 orang pegawai. Jumlah koleksi (buku) yang dimiliki perpustakaan sebanyak 900 eksemplar yang berasal dari sumbangan-sumbangan berbagai lembaga sebagaimana disebut sebelumnya. Sejalan dengan sejarah perkembangan lembaga induknya, pada awalnya perpustakaan hanya melayani 2 (dua) fakultas yaitu Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP), dan Fakultas Hukum, Ketatanegaraan dan Ketataniagaan (FHKK). Dalam perkembangannya jumlah dan nama fakultas itu berubah-ubah, dan dewasa ini Perpustakaan Universitas Cenderawasih melayani 9 fakultas dan satu Program Pascasarjana. UPT Perpustakaan Universitas Cenderawasih yang awalnya menempati sebuah ruangan, kemudian menempati sebuah gedung di kampus lama Abepura yang berada di jalan Prof. Soegardha Purbakawatja dengan luas bangunan 603 m².

            Sejalan dengan berjalannya waktu maka Universitas Cenderawasih semakin berkembang pula baik dalam aspek kelembagaan dan program maupun dalam aspek peningkatan jumlah sivitas akademika. Akibatnya sarana dan prasarana fisik seperti gedung perkantoran, ruang perkuliahan, ruang laboratorium dan ruang/gedung perpustakaan yang ada di Kampus Abepura tidak lagi mampu untuk menampung semua kegiatan administratif dan akademik yang semakin meningkat. Maka dengan bantuan dana dari Bank Pembangunan Asia (ADB) dibangunlah gedung-gedung  yang baru dikampus baru Waena, termasuk gedung baru untuk UPT Perpustakaan Universitas Cenderawasih. Terhitung mulai minggu kedua Januari 2002, koleksi dan perabot serta peralatan perpustakaan dipindahkan ke gedung baru di Kampus Waena. Pemindahan ini dilaksanakan secara tergesa-gesa karena adanya informasi dari pihak Jurusan Ilmu Administrasi FISIP yang menyatakan bahwa bekas gedung UPT Perpustakaan telah disetujui Rektor untuk direhab total guna dipakai sebagai ruang kuliah Program Magister Manajemen Administrasi Publik pada bulan Juli 2002. Akibatnya, seluruh koleksi /perabot/ peralatan harus dipindahkan segera, dan hal tersebut berbeda dengan rencana semula yang mengandaikan akan ditinggalkannya sebagian koleksi/perabot/peralatan untuk Unit Perpustakaan FKIP. Sudah lebih dari 10 (sepuluh) tahun UPT Perpustakaan Universitas Cenderawasih melaksanakan tugas dan fungsinya digedung kampus baru Waena yang kini melayani ± 13.000 orang mahasiswa, 610 orang dosen / staf pengajar dan 326 orang staf / pegawai administrasi yang ada di Universitas Cenderawasih.

            Sejak berdirinya pada tahun 1962 sampai sekarang, UPT Perpustakaan Universitas Cenderawasih  berturut-turut dipimpin oleh penjabat-penjabat sebagai berikut :

(*) Pembantu Rektor I
yang merangkap  jabatan sebelum
ditetapkan Penjabat Kepala UPT

Visi UPT Perpustakaan Universitas Cenderawasih

            Menjadi perpustakaan yang unggul dan mampu memberikan pelayanan terbaik kepada pemustakanya dengan layanan berbasis teknologi informasi dan komunikasi dalam mendukung peyelenggaraan tridharma  perguruan tinggi.

 Misi UPT Perpustakaan Universitas Cenderawasih

1.   Menjadikan perpustakaan sebagai perpustakaan yang unggul, mampu menjadi penghubung utama antara sumber informasi dengan pemustaka.

2.   Menyediakan dan melayani IPTEK secara cepat, aktual dan relevan.

3.   Meningkatkan mutu layanan, prasarana dan teknologi terkini untuk mewujudkan lingkungan akademik yang sehat dan memikat agar dapat dimanfaatkan oleh masyarakat Papua.

Tugas
dan Fungsi UPT Perpustakaan Universitas Cenderawasih

1.  Menunjangpelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi yang diemban oleh Universitas Cenderawasih.

2.   Menunjang upaya pengembangan Universitas secara keseluruhan, khususnya dalam meningkatkan kualitas dan relevansi program – program pendidikan dan pelajaran, penelitian dan pengabdian kepada mesyarakat, meningkatkan efisiensi dan efektivitas pendidikkan tinggi, serta dalam memperluas kesempatan bekerja bagi warga masyarakat usia pendidikan tinggi.

3. Merupakan pusat pelayanan bahan pustaka dilingkungan masyarakat Universitas Cenderawasih baik bagi civitas akademi Universitas Cenderawasih maupun bagi masyarakat ilmiah diluar kampus.

4.   Merupakan pusat pengolahan publikasi dan karya tulis yang dihasilkan oleh civitas akademi Universitas Cenderawasih, serta publikasi lokal lainnya